上期将对可视化界面和track管理中的常用功能进行了详细介绍，本期将介绍如何利用UCSC获取基因转录本信息并查找与启动子结合的转录因子
首先搜索目的基因进入详情界面，图1方框内容选中后单击出现图2页面，最上方为基因基本信息和功能描述，整个界面内容见Page Index表格，一共包含以下13项信息：1.Sequence and Links to Tools and Databases（与其他数据库的关联）2.Comments and Description Text from UniProtKB（Uniprot网站信息）3.MalaCards Disease Associations（基因与疾病的联系）4.Comparative Toxicogenomics Database (CTD，基因与药物/化合物的联系)5.RNA-Seq Expression Data from GTEx (RNA-Seq中基因的在53个组织中表达情况)6.Microarray Expression Data（基因芯片数据中基因的表达情况）7.mRNA Secondary Structure of 3' and 5' UTRs（基因UTR区域的二级结构）8.Protein Domain and Structure information（蛋白结构）9.Orthologous Genes in Other Species（其他物种的同源基因）10.Gene Ontology(GO) Annotations with Structures Vocabulary（GO注释）11.Descriptions from all associated GenBank mRNAs（GenBank中的其他转录本）12.Biochemical and Signaling Pathways（基因相关的信号通路）13.Other Names for This Gene（基因别名）图1图2具体序列可在Sequence and Links to Tools and Databases版块中查询，点击Genomic Sequence后出现图3页面，可根据需要选择转录起始位点上游、5’UTR、CDS、3’UTR、内含子等区域查看序列
页面下方可选择序列呈现方式
使用UCSC查询序列可以不用考虑基因转录方向，相比ncbi更加方便
UCSC近期也添加了JASPAR数据库，可用于查找与目的基因启动子结合的转录因子
那么接下来小编就来简单介绍下如何操作
图3以图1中人POMC基因为例，首先在图3的页面选择Promoter/Upstream by xxx bases，通常选择上游2000bp作为启动子序列，点击submit获得启动子序列及具体位置
图4接着在检索查询版块输入启动子序列位置（图4红框内容），点击go；在track管理版块找到Regulation，将其中的JASPAR Transcription Factors设置为pack或者full，点击refresh，页面更新后如图6所示，即显示所有预测可能有结合的转录因子
图5图6然后点击想研究的转录因子进入详情界面（图7），该界面包括JASPAR id，结合预测评分，结合位置和长度等，Score分数范围为1-1000，分数越高结合可能性越大
图7如果想界面上只显示要研究的转录因子，可点击图7中红框中的链接，接着点击Configure在弹出的窗口中选择目的转录因子（图8红框内容），最后点击页面上方的submit，自动跳转图9页面
此时可视化界面会显示指定转录因子的序列，人以外的物种也均有显示
图8图9至此，UCSC网站介绍就结束了，相信大家对网站使用有了初步的了解
下期将开始介绍基因宝库ncbi网站的使用方法，感兴趣的小伙伴可以留意一下哦~汉恒专营工具病毒十余载，如有基因调控相关技术问题，欢迎随时咨询