虽然这个方向的生信文章不少，但是只有能在疾病或者分析思路上有创新，想发生信还是没有问题的今天馆长给大家安利一篇来自南京医科大学第二附属医院张业伟团队的文章，这篇文章利用铁死亡生信分析+简单实验验证轻松发7+1.文章作者利用两大常用数据库TCGA和GTEx获取数据，简单易操作；2.文章从mRNA疫苗和个性化免疫治疗的角度出发，独树一帜，且易复现；3.文章利用细胞系进行了体外验证，用到的实验（qRT-PCR、免疫组织化学和western blot）都是常用方法细胞死亡方式这么多，小伙伴们完全可以换个方向复刻一篇，小云已经成功复现过上千篇文献，迷茫中的你不妨让小云为你排忧解难~题目：铁死亡调节剂与胰腺癌肿瘤免疫的交互作用:mRNA疫苗和个性化免疫治疗的新视角杂志：Apoptosis影响因子：7.2发表时间：2023.10回复123领取原文，文献编号：240321研究背景胰腺腺癌(PAAD)是癌症相关死亡的第八大原因，给人类造成严重的身体和精神负担活性氧积累和铁超载可能使铁死亡介导的癌症治疗成为可能本研究旨在研究一种新的铁死亡调节因子及其与PAAD免疫微环境和PD-L1的关系研究思路RNA-seq数据和相关信息来自TCGA和基因型-组织表达(Genotype-Tissue Expression，GTEx)数据库使用R包“ggplot2”和“pheatmap”检测20种铁死亡调节因子在PAAD和正常组织之间的表达R软件包"ConsensusClusterPlus"、"survival"、"survminer"、"immunedeconv"和TIDE算法对聚类1和聚类2进行了一致性聚类、总生存期、无进展生存期、无病生存期、免疫浸润水平和免疫治疗应答采用Kaplan-Meier曲线、受试者工作特征(roc)曲线、单因素和多因素cox回归分析以及列线图验证其预后价值采用R软件包"ggstatsplot"、"immunedeconv"、"ggalluvial"和" prophetic "分析FANCD2与免疫和药物敏感性的关系qRT-PCR、免疫组织化学和western blot检测PAAD细胞株中FANCD2的表达主要结果PAAD与正常组织间铁死亡调节因子的表达基于24个铁死亡调节因子，作者分析了它们在TCGA和GTEx数据库中179个PAAD和332个正常组织中的mRNA表达在图1A-C中，大多数铁死亡调节因子在PAAD中表达上调，相应的表达热图如图1D所示相关分析表明，大多数铁死亡调节因子存在正相关(图1E)这些发现表明，铁死亡调节因子可能在PAAD的发生和发展中起关键作用PAAD最佳聚集群的筛选与评价及预后为了了解铁死亡调节因子的价值，作者进行了一致性聚类分析，以进一步研究PAAD根据累积分布函数曲线和聚类热图，选择最优k值为2进行后续分析(图2A, B)此外，热图分析表明，PAAD中Cluster2的表达水平低于cluster1(图2C)此外，对两组PAAD患者的预后进行了研究，结果表明，Cluster2患者的总生存期(图2D)、无进展生存期(图2E)和无病生存期(图2F)均长于Cluster1患者这些结果表明，一致性聚类可以初步划分PAAD患者的风险免疫微环境和两簇间PD-L1表达的描述在此基础上，作者进一步研究了它们在免疫浸润细胞、免疫检查点、肿瘤突变负担和免疫检查点阻断中的关系在图3A中，PAAD中cluster 1在巨噬细胞、巨噬细胞M1、骨髓树突状细胞、T细胞CD4 + Th2、B细胞、T细胞CD8 +中枢记忆、T细胞CD4 + Th1、嗜酸性粒细胞、免疫评分和微环境评分中的免疫浸润水平高于cluster 2各免疫浸润细胞的比例如图3B所示免疫检查点的表达在cluster1和cluster2之间存在显著差异(图3C)用肿瘤免疫功能障碍和排斥(TIDE)算法预测两个簇对免疫检查点抑制剂的反应性发现第1组的免疫应答评分较高，反映了接受免疫检查点阻断治疗的PAAD患者预后较差(图3D)此外，还具体探讨了两个簇与PD-L1之间的相关性与正常组织和cluster2相比，PAAD(图3E)和cluster1(图3F)中的PD-L1表达分别上调相关热图分析显示，PAAD中大多数铁死亡调节因子与PD-L1呈正相关，而HSPB1与PD-L1呈负相关(图3G)这些结果表明，这两个簇可能有助于区分PAAD患者对免疫治疗的反应PAAD组织和细胞中核心铁死亡调节因子FANCD2的鉴定和验证为了更好地找到PAAD中核心的铁死亡调节因子，交集分析表明FANCD2是预后不良、PD-L1阳性、过表达基因中唯一的相互作用基因(图4A)然后，在TCGA、GTEx和GEPIA数据库中验证FANCD2的表达，结果显示FANCD2在PAAD中的表达高于正常组织(图4B、C)在图4D中，还发现FANCD2的表达与pTNM分期有关此外，qRT-PCR分析显示，FANCD2 mRNA在CFPAC-1和BxPc-3细胞系中比HPNE细胞系表达上调(图4E)Western blot分析显示，与HPNE细胞系相比，SW1990和BxPc-3细胞系中FANCD2蛋白表达增加(图4F, G)此外，还研究了FANCD2蛋白在PAAD中的表达与正常组织相比，PAAD中FANCD2蛋白在细胞核中呈强阳性表达(图4H)FANCD2在PAAD中的独立预后价值为了阐明FANCD2的独立预后价值，作者首先研究了FANCD2在PAAD中的基因组突变在图5A中，FANCD2的体细胞突变率为0.6%，突变类型为错义突变PAAD患者的主要突变基因为KRAS、TP53和SMAD4，所占比例分别为77%、64%和24%(图5B)然后，队列汇总图显示了变异分类、类型和SNV类别的变异分布此外，根据低表达组和高表达组，发现低表达组比高表达组的生存时间更长 (图5C)1年、3年、5年的ROC曲线AUC值分别为0.599、0.708、0.673(图5D)单因素和多因素Cox回归分析显示，FANCD2是HCC的独立预后因素(图5E、F)因此，构建了nomogram来确定1年、2年、3年的生存率c指数为0.602，表明可以作为有效的预测应用(图5G, H)此外，Sankey图验证了高表达与PAAD的高分期、高分级和不良预后相关(图5I)这些结果表明FANCD2是PAAD患者的独立预后因素FANCD2表达与免疫微环境、药物敏感性的相关性在图6A-F中，相关分析显示FANCD2表达与B细胞、中性粒细胞、髓系树突状细胞相关然后，作者研究了FANCD2表达与TMB评分和PD-L1表达的关系，结果显示呈正相关(图7A, B)进一步评估药物敏感性与FANCD2表达组的关系(图7C-F)PAAD患者低表达组和高表达组药物IC50有显著差异有趣的是，低表达组PAAD患者对伊马替尼的敏感性高于高表达组因此，FANCD2表达可能在免疫治疗反应中发挥关键作用文章小结总之，该研究发现了一种新的基于铁死亡调节因子的PAAD分子亚型，该亚型具有良好的预后表现，为mRNA疫苗和个性化免疫治疗奠定了坚实的理论基础此外，作者首次发现并验证了FANCD2是一种有前景的生物标志物，可以有效地用于PAAD患者的预后识别、免疫疗效评估和mRNA疫苗，为进一步研究FANCD2和PD-L1在mRNA疫苗和个性化免疫治疗中的相关性提供了重要指导本文在分析方法上并没有引入新的方法，但是作者用了mRNA疫苗一词，这在以往的生信文章中是很少见的通过分析最终定位到一个基因，并重点对该基因进行了验证，如果再多做一些实验，相信影响因子蹭的一下就上去了
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