手到擒来壁垒认知领域Nature(微软蛋白基因数据晶体)「微软基因公司」

多位科学家曾因 CRISPR 基因编辑技术斩获诺贝尔奖,这项技术也被《麻省理工学院技术评论》杂志评选为2023年十大突破性技术之一
现如今生命科学领域最火的技术之一便是基因编辑,2012年CRISPR-Cas9的工作原理被解析,稍后在2013年,华裔科学家张锋首次将CRISPR-Cas9基因编辑技术应用于哺乳动物细胞,正式开启了基因编辑的应用之路,《Science》2017 年度突破、《Nature》2017 年度人物均授予了 CRISPR 相关技术的突破,2020年CRISPR技术获得诺贝奖,短短不到十年时间CRISPR技术荣获最高学术荣誉,足以看出该技术的应用潜力,基因编辑技术广泛应用于人、大鼠、小鼠、斑马鱼、果蝇、猪、水稻、小麦和拟南芥等动植物(细胞)以及细菌等微生物的基因组靶向改造,并已在功能基因组研究、疾病防治、动植物育种、动物疾病模型开发、基因治疗等领域展现出巨大的应用前景
成为当下科研工作者的新宠儿
由于该项研究资料和学习平台较少,信息技术不公开,培训学习迫在眉睫,特此诚挚邀请您参加“CRISPR-Cas9基因编辑技术专题+机器学习微生物组学+机器学习转录组学与表观组学+深度学习基因组学+蛋白质晶体结构解析+机器学习代谢组学+CADD计算机辅助药物设计+AIDD人工智能药物发现与设计”专题线上培训课,参会学员已达3000余名
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专题一、CRISPR-Cas9基因编辑
第一天一. 基因编辑工具介绍1. 基因编辑和转基因是一样的吗?2. 生活中的基因编辑与转基因产品3. 基因编辑工具先驱-ZFNs和TALENs4. 没落的ZFNs和TALENs5. TALENs,旧工具新用,细胞器编辑利器
6. 强势崛起的CRISPR系统7. CRISPR系统家族介绍8. CRISPR-Cas9的工作原理9. CRISPR-Cas12的工作原理10. CRISPR系统的致命缺点11. 如何选择合适的CRISPR系统?第二至三天二. CRISPR系统可以做什么?1. 基因敲除/基因敲入i. 基因修复途径介绍(NHEJ和HDR)ii. Knock-in和Knock-out的简介iii. Knock-in策略简介(HDR/Retron/双pegRNA策略/GRAND/TJ-PE) 2. 多敲系统简介3. CRISPRa/CRISPRi(基因激活与基因抑制)i. dCas9-PVPR系统介绍ii. dCas9-VP64/GI/SAM基因激活系统介绍iii. 基因编辑招募系统介绍(Suntag/Moontag)4. CRISPR系统的‘另类’应用(循环打靶)5. CBE系统的原理及其应用i. CBE系统进化过程总结(CBEmax/每代优化的元件及策略汇总)ii. 基因组CBE编辑(植物育种/基因功能研究/临床治疗)iii. 细胞器CBE编辑工具介绍(Ddda脱氨酶/MutH切口酶)iv. CBE系统的脱靶效应6. ABE系统的原理及其应用i. PACE和PANCE人工定向蛋白进化系统介绍及其他常规的蛋白进化技术ii. ABE系统的进化过程总结(ABEmax/ABE8e每代优化的元件及策略汇总)iii. ABE系统的‘另类’应用(基因失活/跳剪/介导C编辑)iv. 双碱基编辑系统(SWISS/STEME/A&C-BEmax/SPACE/ACBE)7. PE系统的原理及其应用i. PE介导精准编辑ii. 编辑效率的影响因素(骨架二级结构/PBS长度/RTT模板)iii. 双pegRNA的原理及其应用(基因组大片段插入)iv. 基因组大片段删除v. 用于AAV递送的PE系统8. gGBE的原理及其应用i. 糖基化酶介绍(为什么可以介导碱基编辑?)ii. gGBE的开发与应用iii. gGBE的后续发展预测9. CRISPR-Case12的病毒检测应用i. 原理介绍ii. 应用案例介绍 第四天三. CRISPR载体构建(实操)1. 敲除/碱基编辑载体构建i. 工具介绍ii. 如何查看质粒图谱iii. 基因靶点的选择(CRISPR-GE等线上工具展示)iv. sgRNA的引物设计v. 模拟构建(酶切载体/构建体系讲解)vi. 菌落PCRvii. 测序鉴定结果分析2. PE系统的载体构建i. 引物设计工具的应用ii. 载体构建演示iii. 测序结果分析3. 转染阳性检测4. 测序原理及结果查看i. 一代测序原理ii. Hi-TOM高通量测序 第五天四. 基因编辑在植物种的应用1. 基因功能研究2. 创制新品种五. 基因编辑在临床上的应用1. 碱基编辑的临床应用2. PE系统的临床应用3. 递送系统的介绍六. 基因编辑在微生物中的应用1. 微生物遗传学研究2. 生物技术(可产生生物燃料/生物塑料/药物等有用的化合物)七. 机器学习在基因编辑领域的应用1. 基因编辑结果的预测2. 编辑效率影响因素的探索3.基因编辑辅助工具的开发
专题二、机器学习微生物组学
第一天
机器学习及微生物学简介1. 机器学习基本概念介绍 2. 常用机器学习模型介绍(GLM,BF,SVM,lasso,KNN等等) 3. 混淆矩阵 4. ROC曲线 5. 主成分分析(PCA) 6. 微生物学基本概念 7. 微生物学常用分析介绍R语言简介及实操 1.R语言概述 2.R软件及R包安装 3.R语言语法及数据类型 4.条件语句 5.循环第二天机器学习在微生物学中的应用案例分享1.利用机器学习基于微生物组学数据预测宿主表 2.利用机器学习基于微生物组学数据预测疾病状态 3.利用机器学习预测微生物风险 4.机器学习研究饮食对肠道微生物的影响微生物学常用分析(实操) 1. 微生物丰度分析 2. α-diversity,β-diversity分析 3. 进化树构建 4. 降维分析 5. 基于OTU的差异表达分析,热图,箱型图绘制微生物biomarker鉴定第三天(实操)零代码工具利用机器学习分析微生物组学数据1. 加载数据及数据归一化 2. 构建训练模型(GLM, RF, SVM) 3. 模型参数优化 4. 模型错误率曲线绘制 5. 混淆矩阵计算 6. 重要特征筛选 7. 模型验证,ROC曲线绘制利用模型进行预测第四天(实操)利用机器学习基于微生物组学数据预测宿主表型(二分类变量以及连续变量)1. 加载数据(三套数据) 2. 数据归一化 3. OUT特征处理 4. 机器学习模型构建(RF, KNN, SVM, Lasso等9种机器学习方法) 5. 5倍交叉验证 6. 绘制ROC 曲线,比较不同机器学习模型模型性能评估第五天(实操)利用机器学习预测微生物风险(多分类)1.加载数据2.机器学习模型构建(RF, gbm, SVM, LogitBoost等等)3.10倍交叉验证4.模型性能评估利用机器学习预测刺激前后肠道菌群变化1.数据加载及预处理2.α-diversity,β-diversity分析3. RF模型构建(比较分别基于OUT,KO,phylum的模型效果)4.10倍交叉验证, 留一法验证5.特征筛选及重要特征可视化外部数据测试模型
专题三、机器学习转录组学表观组学
第一天理论部分高通量测序原理高通量测序基础测序方法及数据二代测序数据分析流程实操内容R语言基础R(4.1.3)和Rstudio的安装R包安装和环境搭建数据结构和数据类型R语言基本函数数据下载数据读入与输出第二天理论部分多组学基础常用生物组学实验与分析方法常用组学数据库介绍批量处理组学数据生物功能分析基于转录组学的差异基因筛选,疾病预测组学数据可视化实操内容Linux操作系统Linux操作系统的安装与设置网络配置与服务进程管理Linux的远程登录管理常用的Linux命令在Linux下获取基因数据利用Linux探索基因组区域Shell script与Vim编辑器基因组文件下载与上传Linux权限管理文件的身份修改文件的所有者和所属组修改文件权限第三天理论部分介绍转录组学的基本概念和研究流程RNA-seq数据的预处理和质量控制序列比对和对齐评估基因表达量估计和差异表达分析实操内容转录组测序数据质量控制转录组数据比对RNA-seq数据原始定量主成分分析原始定量结果差异分析差异结果筛选及可视化GO和KEGG通路富集分析GSEA基因集富集分析第四天理论部分表观遗传学的基本概念和技术介绍DNA甲基化和组蛋白修饰的分析方法表观组数据的预处理和质量控制差异甲基化和差异修饰分析甲基化和修饰的功能注释和富集分析甲基化数据的整合分析和基因调控网络构建表观组数据的可视化方法和工具介绍其他表观组学技术(如染色质构象捕获)实操内容测序数据质量控制和检查数据比对和多匹配问题计算结合峰位置IGV中组学结果可视化差异peaks分析结合程度矩阵计算富集热图和曲线图绘制第五天理论部分机器学习概述线性模型决策树支持向量机集成学习模型选择与性能优化实操内容决策树算法实现随机森林算法实现支持向量机(SVM)算法实现朴素贝叶斯算法实现Xgboost算法实现聚类算法实现DBSCAN算法实现层次聚类算法实现第六天理论部分基因功能注释和富集分析WGCNA(Weighted Gene Co-expression Network Analysis)网络分析转录因子分析和调控网络构建转录组数据的可视化方法和工具转录水平预测蛋白翻译水平实操内容创建Seurat对象数据质控测序深度差异及标准化单细胞数据降维批次效应去除数据整合亚群注释GSVA通路活性分析单细胞富集分析 案例图片:
专题四、深度学习基因组学
第一天理论部分深度学习算法介绍1.有监督学习的神经网络算法1.1全连接深度神经网络DNN在基因组学中的应用举例1.2卷积神经网络CNN在基因组学中的应用举例1.3循环神经网络RNN在基因组学中的应用举例1.4图卷积神经网络GCN在基因组学中的应用举例2.无监督的神经网络算法2.1自动编码器AE在基因组学中的应用举例2.2生成对抗网络GAN在基因组学中的应用举例实操内容1.Linux操作系统1.1常用的Linux命令1.2 Vim编辑器1.3基因组数据文件管理, 修改文件权限1.4查看探索基因组区域2.Python语言基础2.1.Python包安装和环境搭建2.2.常见的数据结构和数据类型第二天理论部分基因组学基础1.基因组数据库2.表观基因组3.转录基因组4.蛋白质组5.功能基因组实操内容基因组常用深度学习框架1.安装并介绍深度学习工具包tensorflow, keras,pytorch2.在工具包中识别深度学习模型要素2.1.数据表示2.2.张量运算2.3.神经网络中的“层”2.4.由层构成的模型2.5.损失函数与优化器2.6.数据集分割2.7.过拟合与欠拟合3.基因组数据处理3.1安装并使用keras_dna处理各种基因序列数据如BED、 GFF、GTF、BIGWIG、BEDGRAPH、WIG等3.2使用keras_dna设计深度学习模型3.3使用keras_dna分割训练集、测试集3.4使用keras_dna选取特定染色体的基因序列等4.深度神经网络DNN在识别基序特征中应用4.1实现单层单过滤器DNN识别基序4.2实现多层单过滤器DNN识别基序4.3实现多层多过滤器DNN识别基序第三天理论部分卷积神经网络CNN在基因调控预测中的应用1.Chip-Seq中识别基序特征G4,如DeepG42.Chip-Seq中预测DNA甲基化,DeepSEA3.Chip-Seq中预测转录调控因子结合,DeepSEA4.DNase-seq中预测染色体亲和性,Basset5.DNase-seq中预测基因表达eQTL,Enformer实操内容复现卷积神经网络CNN识别基序特征DeepG4、非编码基因突变DeepSEA,预测染色体亲和性Basset,基因表达eQTL1.复现DeepG4从Chip-Seq中识别G4特征2.安装selene_sdk,复现DeepSEA从Chip-Seq中预测DNA甲基化,非编码基因突变3.复现Basset,从Chip-Seq中预测染色体亲和性4.复现Enformer,从Chip-Seq中预测基因表达eQTL第四天理论部分深度学习在识别拷贝数变异DeepCNV、调控因子DeepFactor上的应用1.SNP微阵列中预测拷贝数变异CNV,DeepCNV2.RNA-Seq中预测premiRNA,dnnMiRPre3.从蛋白序列中预测调控因子蛋白质,DeepFactor实操内容1.复现DeepCNV利用SNP微阵列联合图像分析识别拷贝数变异2.复现循环神经网络RNN工具 dnnMiRPre,从RNA-Seq中预测premiRNA3.复现DeepFactor,从蛋白序列中识别转录调控因子蛋白质第五天理论部分深度学习在识别及疾病表型及生物标志物上的应用1.从基因表达数据中识别乳腺癌分型的深度学习工具DeepType2.从高维多组学数据中识别疾病表型,XOmiVAE3.基因序列及蛋白质相互作用网络中识别关键基因的深度学习工具DeepHE实操内容1.复现DeepType,从METABRIC乳腺癌数据中区分乳腺癌亚型2.复现XOmiVAE,从TCGA多维数据库中识别乳腺癌亚型3.复现DeepHE利用基因序列及蛋白质相互作用网络识别关键基因第六天理论部分深度学习在预测药物反应机制上的应用1.联合肿瘤基因标记及药物分子结构预测药物反应机制的深度学习工具SWnet实操内容1.预处理药物分子结构信息2.计算药物相似性3.在不同数据集上构建self-attention SWnet4.评估self-attention SWnet5.构建多任务的SWnet6.构建单层SWnet7.构建带权值层的SWnet案例图片:
专题五、蛋白质晶体解析
第一天蛋白质结晶前准备1. 目的蛋白质信息检索(包括实操演示)1.1 不同种属的蛋白1.2 蛋白质一级结构的调查1.3 蛋白质三级结构的预测1.4 蛋白质理化特性的预测1.5 蛋白质的配体和共价修饰2. 分子克隆技术2.1 目的基因的获取(包括实操演示)2.2 目的基因的引物设计(包括实操演示)2.3 传统克隆技术(涉及学习SnapGene软件,包括实操演示)2.4 无缝克隆技术(涉及学习SnapGene软件,包括实操演示)以某一基因进行操作演示3. 利用大肠杆菌表达目的蛋白3.1 目的蛋白的小量鉴定表达3.2 目的蛋白的大量表达3.3 收菌和裂解菌体3.4 裂解液的离心3.5 目的蛋白的浓缩3.6 目的蛋白浓度的测定4. 真核表达系统第二天蛋白质结晶准备1.蛋白晶体结构的特征1.1蛋白晶体的空间格子、晶胞和晶面指标1.2蛋白晶体的对称性、点群、晶系和空间群2. 蛋白质晶体生长的理论知识(详细讲解温度、pH值、离子强度、有机溶剂、沉淀剂,等等,对蛋白晶体生长的影响;影响蛋白质晶型的因素)3. 蛋白质晶体生长条件的初筛(详细讲解晶体初筛的注意事项)4. 蛋白质晶体生长条件的优化 (详细讲解晶体优化的方法,包括改变pH值、沉淀剂,等因素)5. 晶种法优化蛋白质晶体生长条件6. 蛋白晶体的挑选和防冻液的配制第三天蛋白晶体衍射数据收集1.X射线衍射1.1. X射线衍射原理1.2. X射线衍射的电子密度1.3. 晶体结构解析的相角问题2. 上海光源线站BL18U1、BL19U1和BL02U1收集数据的方法 (重点详细讲解,可能需要更长的时间)3. 蛋白晶体结构解析软件的安装(包括Ubuntu系统、Phenix软件、CCP4软件、PyMoL软件、XDS软件和Adxv软件)第四天蛋白晶体结构解析1. 晶体结构的解析1.1. 晶体结构解析流程1.2. Index、Intergrate和Scale1.3. 分子置换技术(包括实操演示)1.4. 蛋白晶体结构的重建(包括实操演示)1.5. 蛋白晶体结构的优化(包括实操演示)2. 晶体结构的精修(涉及COOT软件、Phenix软件和CCP4软件,包括实操演示)3. 晶体结构质量的评价指标(详细讲解各个评价指标)4. 蛋白质结构中加入小分子配体5. 在结构解析过程中,如何利用软件提高分辨率(重点讲解,需要较长的时间)第五天蛋白晶体结构的提交及展示1. 从晶体生长到解析,详细剖析提高分辨率的方法(包括示例演示)2. 蛋白晶体结构数据提交到PDB(包括实操演示)3. 蛋白晶体结构的展示(包括实操演示)案例图片:
专题六、机器学习代谢组学
案例图片:
专题七、CADD计算机辅助药物设计
案例实操图片:
培训对象
全国各大高校、企业、科研院所从事人工智能、基因编辑、生命科学、代谢工程、有机合成、抗体工程、酶工程、 天然产物、蛋白质、药物、生物信息学、植物学、动物学、食品、化学化工、医学、疾病、基因组学、农业科学、植物基因组、动物传染病、肿瘤免疫与靶向治疗、全基因组泛癌分析、人黏连蛋白折叠基因组机、生物化学、病毒检测、高通量测序、分子生物学、功能基因组、遗传图谱、基因挖掘变异、代谢组学、蛋白质组学、转录组学、生物医学、 转化研究、癌症、核酸、毒物学研究、生物计算、生态、肿瘤、遗传、基因改造、细胞分化、微生物、生物医学大数据分析与挖掘、数学类专业、计算机科学、 医学、疾病等研究 的科研人员以及人工智能爱好者
培训特色及福利
课程特色1、课程特色--全面的课程技术应用、原理流程、实例联系全贯穿2、学习模式--理论知识与上机操作相结合,让零基础学员快速熟练掌握3、课程服务答疑--主讲老师将为您实际工作中遇到的问题提供专业解答 授课方式:通过腾讯会议线上直播,理论+实操的授课模式,老师手把手带着操作,从零基础开始讲解,电子PPT和教程开课前一周提前发送给学员,所有培训使用软件都会发送给学员,有什么疑问采取开麦共享屏幕和微信群解疑,学员和老师交流、学员与学员交流,培训完毕后老师长期解疑,培训群不解散,往期培训学员对于培训质量和授课方式一致评价极高
腾讯会议实时直播解答|手把手带着操作 学员对于培训给予高度评价 学员培训后投顶刊
授课时间及地点-腾讯会议直播
CRISPR-Cas9基因编辑技术专题2023.9.16----2023.9.17 全天授课(上午09.00-11.30 下午13.30-17.00)2023.09.19----2023.09.20晚上授课 (晚上19.30-22.30)2023.10.14----2023.10.15全天授课(上午09.00-11.30 下午13.30-17.00)
机器学习微生物组学2023.9.23----2023.9.24全天授课(上午09.00-11.30 下午 13.30-17.00)2023.9.25----2023.9.26 晚上授课 (晚上19.00-22.00)2023.10.12----2023.10.13晚上授课 (晚上19.00-22.00)2032.10.14全天授课(上午 09.00-11.30 下午 13.30-17.00)
机器学习转录组学与表观组学2023.9.16----2023.9.17全天授课(上午09.00-11.30 下午13.30-17.00)2023.9.19----2023.9.22晚上授课(晚上19.00-22.00)2023.9.23----2023.9.24全天授课(上午09.00-11.30 下午13.30-17.00)
深度学习基因组学2023.9.16----2023.9.17全天授课(上午09.00-11.30 下午 13.30-17.00)2023.9.23----2023.9.24 全天授课(上午09.00-11.30 下午 13.30-17.00)2023.10.14----2023.10.15全天授课(上午 09.00-11.30 下午 13.30-17.00)
蛋白质晶体结构解析2023.9.23----2023.9.24全天授课(上午09.00-11.30 下午13.30-17.00)2023.9.27----2023.9.28晚上授课(晚上19.00-22.00)2023.10.7----2023.10.8晚上授课(晚上19.00-22.00)2023.10.11----2023.10.12晚上授课(晚上19.00-22.00)
机器学习代谢组学2023.9.16----2023.9.17全天授课(上午09.00-11.30 下午13.30-17.00)2023.09.20----2023.09.21晚上授课 (晚上 19.00-22.00)2023.9.23----2023.9.24全天授课(上午09.00-11.30 下午13.30-17.00)
CADD计算机辅助药物设计专题2023.9.16----2023.9.17全天授课(上午09.00-11.30 下午13.30-17.00)2023.9.18----2023.9.19晚上授课(晚上19.00-22.00)2023.9.19----2023.9.22晚上授课(晚上19.00-22.00)2023.9.23----2023.9.24全天授课(上午09.00-11.30 下午13.30-17.00)2023.9.26----2023.9.27晚上授课(晚上19.00-22.00)
培训费用
深度学习基因组学;机器学习转录组学与表观组学CADD计算机辅助药物设计;蛋白质晶体结构解析;公费价:每人每班¥5880元 (含报名费、培训费、资料费)自费价:每人每班¥5480元 (含报名费、培训费、资料费)CRISPR-Cas9基因编辑技术;机器学习微生物组学;机器学习代谢组学;公费价:每人每班¥4680元 (含报名费、培训费、资料费)自费价:每人每班¥4280元 (含报名费、培训费、资料费)优惠:优惠1:两班同报:9880元 三班同报:13880元 四班同报:17680元 五班同报:21680元 六班同报:24680元 七班同报:26680元八班同报:27680元特惠:八班同报:27680元(原价46880元)(可免费学习一整年)优惠2:提前报名缴费可享受300元优惠(仅限十五名)证书:参加培训并通过考试的学员,可以申请获得工业和信息化部工业文化发展中心颁发的“工业强国建设素质素养提升尚工行动”岗位能力适应评测证书
该证书可在中心官网查询,可作为能力评价,考核和任职的重要依据
评测证书查询网址:www.miit-icdc.org(自愿申请,须另行缴纳考试费500元/人)
报名咨询方式(请二维码扫描下方微信)
联系人:叶老师 报名电话:13838281574 ( 微信同号) 电子邮箱:y13838281574@163.com
引用本次参会学员的一句话:
发现真的是脚踏实地的同时 需要偶尔仰望星空非常感谢各位对我们培训的认可
祝愿各位心想事成
手到擒来壁垒认知领域Nature(微软蛋白基因数据晶体)
(图片来源网络,侵删)

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