系统进化树（phylogenetic tree）具有共同祖先的各物种/类群相互间演化关系的树，又被译作系统发育树、系统演化树、系统发生树、种系发生树、系统树等
为什么要构建系统进化树？1. 推测进化模型
从进化树拓扑结构和枝长中推测背后的进化机制
2. 预测模型.体现的是机制，机制清楚了，就可以对关键位置进行预测
构建系统进化树常用的方法1. 基于距离： UPGMA（类平均法） ME（Minimum Evolution，最小进化法） NJ（Neighbor-Joining，邻接法）2.基于特征： MP（Maximum parsimony，最大简约法） ML（Maximum likelihood，最大似然法） Bayesian Inference (BI，贝叶斯方法）系统进化树的评估 自展支持率：Bootstrap support构建系统进化树的流程构建系统进化树的常用软件 PAUP，商业软件，集成的进化分析工具 MrBayes，Phylobayes （蛋白） PhyML， RAxML MEGA，图形化的软件，使用方便 Online server/platform流程详解1.获取数据 数据类型： 核苷酸序列，氨基酸序列，形态学数据…… 数据格式 纯文本文件： >Arabidopsis01【 OTU，运算的分类单元，类群/个体/基因型】AAATCGGGTTCCCTT（数据）3. 准备数据原始文件 用Notepad打开txt文件 利用Bioedit软件排列 用ClustalW 排列矩阵 手工校正 在Bioedit下Fasta格式保存 用DAMBE软件转换格式 用PAUP构建最大简约(MP)树 编写PAUP4运行脚本“PAUP_MP-脚本.txt”文件 运行test1-PAUP.NEX 用treeview打开结果文件test1_MPhs.tre，显示最大简约树（矩形树） 最大似然( ML)树的构建 用PhyML软件构建ML树，数据格式：.phy 打开PhyML软件包，从输入文件包中拷贝test1.PHY，粘贴 双击 PhyML-3.1_win32.exe， 输入文件名：test1.phy，按照屏幕提示选择各项参数 用treeview打开树图文件test1.phy_phyml_tree.txt 分支旁边的数字是自展支持（bootstrap support）率
利用MEGA软件构建系统树 用MEGA软件打开fas格式文件 用MEGA软件打开test1.fas，选择序列类群 打开phylogeny下拉框，构建最大简约（MP）树 选择建树参数 显示并编辑树图 输出树图文件 PhyML平台构建系统树 https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/PHYML/interface.html CIPRES平台构建系统树 iTOL平台编辑系统树 更多分析需求，请联系电话（同微信帐号）：13120220117