ggtree提供了多种进化树格式数据的读取，并且能够读取并转换BEAST, r8s，RAxML等软件所生成的数据
轻松实现基于R的进化树高级绘图
ggtree也是基于ggplot2的扩展包，绘图原理和绘图参数设置的风格都和ggplot2相似，同时ggplot2的很多参数也是可以直接使用
所以有一定的ggplot绘图基础，并且结合heatmap很容易上手并画出精美的进化树
ggtree美图来袭ggtree可以识别多种进化树格式：NewickNexusNew Hampshire eXtended format (NHX)JplacePhylipggtree可直接读取下列软件的输出文件BEASTEPAHYPHYPAMLPHYLDOGpplacerr8sRAxMLRevBayes常用软件输出格式数据的读取read.newick读取newick格式数据read.beast读取BEASE软件输出数据read.codeml读取 CODEML (rst and mlc files)软件输出数据read.codeml_mlc读取CODEML 软件输出的mlc格式数据read.hyphy读取HYPHY软件输出数据read.jplace读取软件EPA and pplacer输出的 jplace 格式数据read.nhx读取软件PHYLODOG and RevBayes 输出的NHX 格式数据read.r8s读取r8s软件输出数据read.raxml读取 RAxML软件输出数据ggtree绘制进化树有两种模式Phylogram （默认）和Cladogram （通过branch.length='none'参数设置）：同时，ggtree的常用展示方式有四种，分别是rectangular，slanted，circular，fan，可以通过layout参数设置：ggtree包的学习或者使用可以按照下面的网址进行，介绍非常详细：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ggtree/inst/doc/ggtree.html“学习模块：Tree Data Import tree文件的读取Tree Visualization tree的可视化Tree Manipulation tree细节修改Tree Annotation tree注释Advance Tree Annotation tree高级注释ggtree utilities tree其他实用修饰工具绘图主函数ggtree的常用参数：tr丨读入的tree文件mapping丨映射关系layout丨展示方式 ‘rectangular’, ‘slanted’, ‘fan’, ‘circular’, ‘radial’, ‘equal_angle’ or ‘daylight’open.angle丨开合角度，只对fan模式有效as.Date丨在绘制time tree时使用ladderize丨显示方法branch.length丨设置tree模式，默认Phylogram, 设置为none的时候是Cladogramndigits丨注释变量数值的精度...丨其他参数，比如颜色，线形，字体大小等等ggtree的两种绘图方式：1.ggplot模式：ggplot(tree, aes(x, y)) +geom_tree() +theme_tree()2.ggtree模式，大家直接使用这种模式即可：ggtree(tree)示例非常简单的一个例子，来自官网：nwk <-system.file(\"extdata\", \"sample.nwk\", package=\"treeio\") #nwk文件在电脑中的位置，ggtree包提供的示例文件tree <-read.tree(nwk) #读取nwk格式树文件ggtree(tree) +geom_text2(aes(subset=!isTip, label=node), hjust=-.3) +geom_tiplab() #绘图注：官网有非常详细的使用教程，图文并茂，代码清晰明了，可供学习http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ggtree/inst/doc/ggtree.html 参考文献：Yu G,Smith D K, Zhu H, et al. ggtree: an r package for visualization and annotationof phylogenetic trees with their covariates and other associated data[J].Methods in Ecology & Evolution, 2017.／End.