功能富集与聚类分析工具进入云平台，找到功能富集和聚类分析工具，我们将分3种场景，分别给大家介绍如何使用例如通过前期差异分析筛选到了一些差异蛋白或者自己根据文献筛选了一些关键蛋白，我们想通过富集分析看一下在这个蛋白列表中哪些功能显著富集，以便于后续功能机制研究1. 输入蛋白列表：txt文件格式，第一列Protein accession是这些差异蛋白的蛋白名(Tips:列名需要固定为Protein accession)；2. 选择注释文件夹：如果在公司做过的项目，在报告中可以找到注释文件夹的路径直接填入(位置如下)，如果是自己的数据，可以根据物种信息在我们的总路径下选择；3. 选择富集分析的背景：有2种选择：I.上一步注释库中的所有蛋白列表，也就是全库为背景；II.上传一个蛋白列表的txt文件作为自定义富集背景（如该项目所有鉴定到蛋白的列表，景杰标准分析中的功能富集选用该方法）4. 修改参数后点击提交分析结果展示：例如通过差异分析筛选到了上调和下调的差异蛋白，或者通过聚类分析将不同蛋白分成了几个cluster，我们想分别看一下这些不同类别的蛋白在功能富集上的结果，以便于后续比较1. 输入蛋白列表： txt文件格式，除了包含蛋白的Protein accession列，需要另加一列Regulated Type，在该列中展示各个蛋白的差异信息或分类信息(Tips：非差异蛋白也可以输入，只需要在Regulated Type列为空即可)2. 选择注释文件夹：如果在公司做过的项目，在报告中可以找到注释文件夹的路径直接填入，如果是自己的数据，可以根据物种信息在我们的总路径下选择；3. 选择富集分析的背景：有3种选择：I. 上一步注释库中的所有蛋白列表，也就是全库为背景；II. 上传一个蛋白列表的txt文件作为自定义富集背景（如该项目所有鉴定到蛋白的列表，景杰标准分析中的功能富集选用该方法）；III. 输入蛋白列表中如果包含非差异蛋白，以输入蛋白作为背景4. 修改参数后点击提交分析分析结果与场景一类似，不再赘述如我们的课题中采用了多种实验处理，需要对每种处理下的差异蛋白进行功能富集分析，并对不同处理的功能富集结果进行横向比较1. 输入蛋白列表： xlsx表格文件：包含多个sheet，每个sheet中是一种处理下的差异蛋白列表；(Tips:可根据示例文件格式修改自己的数据，若在景杰生物做过组学项目，也可以直接在项目报告中找到对应输入文件：4-Differentially_expressed_protein/Differentially_expressed_statistics.xlsx）2. 选择注释文件夹：如果在公司做过的项目，在报告中可以找到注释文件夹的路径直接填入，如果是自己的数据，可以根据物种信息在我们的总路径下选择3. 选择富集分析的背景：有2种选择：I. 上一步注释库中的所有蛋白列表，也就是全库为背景；II. 上传一个蛋白列表的txt文件作为自定义富集背景（如该项目所有鉴定到蛋白的列表，景杰标准分析中的功能富集选用该方法）4. 修改参数后点击提交分析结果展示：与场景1类似，但是会多出如下不同比较组间的富集聚类热图，其中纵轴的功能通路可以通过上传特定通路绘制聚类热图进行调整，横轴的比较组可以通过自定义聚类输入的比较组进行调整KEGG个性化分析工具通过上面的功能富集与聚类分析小工具，我们除了得到如上的图片和表格，还会有一个7-Enrichment_pathway_image/all_map_info.txt文件，这个文件是做什么用的呢？在这个文件中展示了通过富集分析得到的显著富集KEGG通路，及其通路中对应的差异蛋白信息，利用这个文件，我们可以实现KEGG通路的可视化，将蛋白的上下调信息以颜色标注在KEGG通路图中接下来小编就教大家如何使用 “KEGG个性化分析”工具来获取KEGG标注颜色的通路图片1. 数据输入：需要的输入文件：7-Enrichment_pathway_image文件夹下的all_map_info.txt，若有多个比较组，则会存在多个对应文件2. 结果展示：工具会直接链接到KEGG网站，根据输入的通路名称下载对应的通路文件，再根据蛋白上下调信息对通路中单元格赋颜色，最终得到png和html格式的KEGG通路文件其中：红色填充表示差异上调蛋白；蓝色填充表示差异下调蛋白；黄色填充表示此节点既包含差异上调蛋白又包含差异下调蛋白KEGG富集气泡图结合上面的两个小工具，我们基本上已经完成了功能富集分析的目的但是，我们还想再做些优化，比如，我们只想在气泡图中展示本课题感兴趣的若干功能富集结果，或者，我们觉得这个气泡图的默认颜色太丑了，想换个颜色行不行？当然可以，云平台部署了“KEGG富集气泡图”工具，此工具可以使用功能富集和聚类分析工具的结果文件重新绘制KEGG富集气泡图1. 输入数据：xlsx表格文件，需要包含富集功能名/富集倍数Fold Enrichment/富集P值Fisher’s exact p value/对应蛋白个数，具体格式可参考小工具使用教程或富集结果6-Functional_enrichment文件夹下的KEGG_pathway_enrichment.xlsx2. 交互参数：用户可以通过交互参数修改字体大小/格式、气泡大小/颜色等，也可选择是否进行Log转换注：除了KEGG通路，云平台也有修改GO，Domain等富集气泡图的对应工具哦，欢迎使用关于生信云平台结果说明：1. 云平台-云课堂：“组学标准分析报告解读-2023版”视频中功能富集和聚类模块部分；2. 云平台-云资源：“网页版生物信息分析文档说明-2023版”文档中功能富集和聚类模块部分帮助文档：若不确定选择哪个注释文件夹或选择未成功，请务必参考右侧帮助文档中“手动选择注释数据库路径教程”注释文件夹路径成功填入后，在下方会用红色字体显示出对应的路径参数：在提交分析之前，需要按照需求设置参数其中的默认参数，如果对参数不熟悉，默认即可Tips：鼠标悬浮在按钮上，会出现按钮小提示注册登录：云平台上所有的工具都是免费的哦，只需要简单注册后登录即可畅享使用进入网址主页面后，点击任意工具卡片，即可跳转到登录页面，点击“立即注册”，按照提示操作，就能登录使用~云平台介绍：景杰生物自2020年4月上线生信云平台，经过不断地更新优化，云平台3.0已在2023年1月正式上线啦生信云平台提供了多个交互式生信分析工具，零基础，无门槛无需敲代码，便可完成生信分析及高分辨率科研图片绘制，为您发表SCI文章助力
目前已经部署了30+分析绘图工具，且还在持续上新中，已上线的工具包括：蛋白功能注释、蛋白互作网络、热图、火山图、PCA、ID转换、GSEA、表达模式聚类等，且都内置了图文教程和示例数据如果感兴趣，可仔细阅读教程尽情体验
景杰生信云平台主页面：本期的软文就到这了，如果你还觉得意犹未尽，欢迎登录景杰云平台https://www.ptm-biolab-css.com.cn/cloudHome 继续使用，还有很多功能强大的分析工具等着你进一步探索发现本文由景杰生物团队报道，欢迎转发到朋友圈如有转载、投稿等其他合作需求，请文章下方留言，或添加微信ptm-market咨询
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