最小化叠加氨基酸缺失原子能量(结构缺失最小化原子叠加)「什么是最小的氨基酸」

这个软件是当时研一上的一门生物信息学课程,老师详细介绍了这个软件的使用方法,关于蛋白结构可视化的软件很多,比如pymol, VMD等,每个软件有各自的特定。
SPDBV官网:https://spdbv.vital-it.ch/disclaim.html#软件解压后即可使用SPDBV软件适合结构分析,有如下功能:自动添加缺失的原子 (分子模拟前的结构准备)分子模拟前往往需要对结构预处理,比如检查是否有缺失的原子,SPDBV很好的解决了这个问题,所以我在做模拟前常用这个软件补充缺失原子,以免后续做分子模拟的时候报错。
简单的能量最小化同源建模后,通常要能量最小化,使结构更合理,SPDBV有这个功能,推荐;旋转氨基酸的侧链,常用于将半胱氨酸的二硫键连在一起有些结构同源建模后,理论上应该形成二硫键的两个半胱氨酸却没形成二硫键,SPDBV软件可以将二硫键的侧链进行旋转,使得两个半胱氨酸的侧链连在一起;将两个蛋白叠加两个结构叠加点突变SPDBV还有做点突变的功能,如果你想做野生型和某个位点突变的突变型,完全可以用这个软件做SPDBV的详细使用方法,如何实现以上功能?由于这个软件的文字版本的教程太难整理,会浪费很多时间,所以大家直接去看视频版本的吧:教程视频版本已发在B站 https://www.bilibili.com/video/BV1sa4y1i7DZSPDBV不适合做图,因为做出的图像素很低,作图还是推荐pymol软件
最小化叠加氨基酸缺失原子能量(结构缺失最小化原子叠加)
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