注：如果在导入文件的时候遇到以下Error，请检查文件名或路径是否有中文，改为全英文后再进行文件导入Step4：结果（1）PCA plot：PCA分析结果，点击不同的plot可切换不同可视化方法（2）Bar plot：绘制各样本的物种功能柱状图，快速查看各组数据分布的具体情况（3）Heatmap plot：各样本的物种功能热图（4）Extended error bar：分组差异图设置过滤条件，则可知输出显著差异的功能分类：
（图片来源网络，侵删）
尔云间 一个专门做科研的团队原创 eryun 云生信学生物信息学 原创不易/ 请关注和转发支持我们STAMP软件是一款可以分析微生物物种与功能组成及差异的可视化软件，适用于多种类型的组间差异分析，比如物种分布及丰度差异、基因差异、功能差异等等利用STAMP软件可对物种功能富集结果进行PCA展示，并分析两两组之间的显著差异功能等今天为大家整理了该软件的下载、安装及使用方法下图为该软件官网主页：https://beikolab.cs.dal.ca/software/STAMPStep1：下载软件并安装进入官网主页，点击Downloads-STAMP v2.1.3，进入下载界面下载后双击安装Step2：打开软件准备2个输入文件，点击File--Load data：样本的功能富集结果及样本分组情况：(1) KEGG.txt:(2) Group.txt:Step3：开始分析导入文件：第1个文件为功能富集结果，第2个文件为样本分组文件；
注：如果在导入文件的时候遇到以下Error，请检查文件名或路径是否有中文，改为全英文后再进行文件导入Step4：结果（1）PCA plot：PCA分析结果，点击不同的plot可切换不同可视化方法（2）Bar plot：绘制各样本的物种功能柱状图，快速查看各组数据分布的具体情况（3）Heatmap plot：各样本的物种功能热图（4）Extended error bar：分组差异图设置过滤条件，则可知输出显著差异的功能分类：
注：如果在导入文件的时候遇到以下Error，请检查文件名或路径是否有中文，改为全英文后再进行文件导入Step4：结果（1）PCA plot：PCA分析结果，点击不同的plot可切换不同可视化方法（2）Bar plot：绘制各样本的物种功能柱状图，快速查看各组数据分布的具体情况（3）Heatmap plot：各样本的物种功能热图（4）Extended error bar：分组差异图设置过滤条件，则可知输出显著差异的功能分类：
0 评论