高斯计算入门课程(五)
主讲老师：蔺老师(博士)
小伙伴们大家好，这节课程来讲如何用高斯计算过渡态
计算过渡态还是以之前建的丁二c为例进行讲解
·首先丁二c是一个反式的丁二c，可以扭转一下角度，点四个圆子的二面角，点中这四个碳，固定第一个碳，然后挪动第四个碳，把它挪到零度左右
现在这个分子就是顺势定二c的分子
·知道顺势丁二其他的空间位组是比较大的，是不稳定的，所以肯定最终是会以这样反式的结构去存在的
从顺势到反式的过程中会有一个中间态，大概在九十度的位置，可能在这个位置有一个中间态，这个态可能就是过渡态
·想要去计算过渡态，看一下要怎么去计算
在计算过渡态之前需要把它的初始分子和最终分子去进行结果优化
·反式的顶耳吸之前已经做过结构优化了，现在去做一下顺势顶耳吸的结构优化，把它调成大概零度左右就可以，不用完全调成零，就是零度左右就可以，然后确定
·现在去进行结构优化，现在是在之前的顺势的结构优化好的log文件上去进行修改的，所以现在需要保存一下，另存一个g g f的文件，比如给它变成d d 二，随便给它命个名，然后保存
·现在去给顺势的结构去做结构优化，opt加frequency，还是是这边六杠三幺 j d p，这里都不变，和之前计算反式结构的时候选择一样的就可以，op t 加frequency没有改变，提交，等待它计算完成
·现在这个结构就是顺势盯二c的优化好的结构，可以打开右键results summary，看一下这块的虚平是零，说明结构优化是成功的
·现在把顺势和反式结构的丁二息都已经进行了结构优化
·下面来算一下丁阿尔西的过渡肽，就是从顺势到反式中间过渡肽是怎么样的
→首先需要进行过渡肽的建模，先把另存一下，存成d d 一，然后g g f的文件保存，然后去进行修改
→同样的是用二面角去修改，选中四个碳，然后固定一号碳去转动四号碳，大概是转成垂直的差不多垂直的角度就可以
预想就是顺势到反式的过渡态
·做好结构之后去进行计算，在计算的时候前面同样也是opt加frequency，之前做结构优化的时候这里是优化到最小值，现在算过渡态，这边需要优化到过渡态就是ts，这边选择ts，其他的机组和方法都跟前面的保持一致就可以，把其他的关键词都删掉
·在关键词这里需要重新输入opt等于括号c、a、l、c、f、c、逗号n、o、e、i、j、e、n，设置完之后去检查一下keywords，这样就可以提交计算
·现在算完的结构就是顺势定二系和反式定二系的过渡态，右键read到此，看一下summary里面的信息，会发现在目录这里显示的是1，就表示过度态优化结果基本是正确的
如果想要去看一下结果到是不是正确的还需要再去算一部i、r、c内坐标去看一下
·把优化好的过渡态的结构再去另存一下，保存了之后提交一个计算，去把droptype这里选irc，其他的设置跟之前是一致的，提交一个计算
·现在i、r、c的内坐标的计算就算完了，确定，打开log文件，右键result就可以看到这边出现i、r、c、pass，点一下它，这个就是运动的轨迹，运动的路径
·点一下左上角绿色按钮就可以让分子动起来，就可以看从顺势往反势的运行的具体的轨迹是怎么样的
·在这个位置输入想要去看的轨迹，比如输入十五，再点个回车，现在展现出来的图片就是第十五步路径的时候的状态
以上就是分子计算过度态的方法，大家快去练习
今天的课程就上到这里，大家拜拜