干货保姆输入文件基础指南(文件计算原子设置为输入)「计算文件sha256」

通过前面的介绍,相信朋友们对VASP计算已经有了一个比较清晰的认识了。
今天的教程主要来讲解一下如何准备VASP计算的输入文件以及一些参数设置的注意事项。
前面我们已经讲过,VASP计算参数以及计算的赝势和结构信息是包含在四个输入文件里面,分别是 INCAR、KPOINTS、POTCAR和POSCAR,下面我们就开始讲解一下这四个输入文件的细节以及注意事项。
VASP计算输入文件:INCAR-计算参数文件通过VASP软件进行理论计算时,是在INCAR文件中设置计算参数,INCAR文件尽量简洁明了,只设置自己需要设置的参数,默认值不需要写进INCAR文件中,以结构优化的INCAR为例介绍一些重要的参数。
SYSTEM=计算任务的名字。
ISTART= 0 | 1 | 2 | 3,我们这里赋值为0,表示开始一个新的计算。
ICHARG=2,ISTART=0,则默认值为2,利用叠加原理直接将原子电荷密度重叠作为电荷密度。
ENCUT,确定平面波的切断动能,通过“grep ENMAX POTCAR”命令获取默认值,一般取最大值的1-1.2倍。
ISMEAR和 SIGMA,ISMEAR决定了如何确定每个波函数的占有数,k点数目大于4时,ISMEAR取-5;当原胞较大而k点数目较少时,ISMEAR取0;体系呈现金属性时,ISMEAR取1。
一般情况下ISMEAR取0,同时取一个合适的SIGMA就不会出问题,笔者一般取ISMEAR= 0 ; SIGMA = 0.01进行计算。
如果不知道如何取SIGMA值,可以查找侯柱峰老师的测试脚本进行测试。
ALGO可以设置为Normal,Fast和Very_Fast,设置为Normal表示用blocked Davidson算法进行电子优化;设置为Very_Fast则表示用RMM-DIIS算法进行电子优化;而设置为Fast则代表用先用blocked Davidson算法再用RMM-DIIS算法进行电子优化。
PREC是设置电子迭代过程精度的参数,用来确定计算的精度。
一般设置为Accurate。
EDIFF参数设置电子自洽迭代的循环中,总能收敛的标准。
只有迭代前后体系能量差小于这个值时才能收敛。
官网给出的建议是设置为默认值10-4,适当调整到10-5也可以。
EDIFFG原子迟豫收敛的标准。
默认值为EDIFF10。
这个值为负时,其绝对值为离子迭代原子最大受力的标准。
LREAL确定投影算法是否在实空间或倒空间计算。
推荐在计算几何优化的时候用Auto,计算能量计算的时候用FALSE。
NELMIN = 4 ,表示最少进行4 次迭代,以保证计算的电子密度足够准确,从而保证计算的受力准确。
IBRION参数可以设置结构优化方法。
通常设置为1或2,当IBRION = 1时, 表示用准牛顿方法进行结构优化,初始结构合理可以直接用这个方法;当IBRION =2时,表示用共轭梯度算法进行结构优化,当初始结构不合理,IBRION=1 不收敛时,可以尝试用这个方法。
ISIF决定了是否计算应力以及如何对结构进行优化。
表面结构优化时,ISIF设置为2,优化体相结构,ISIF设置为3。
NSW是设置原子迟豫的最大步数和分子动力学的步数。
LWAVE = .FALSE.,这个参数表示不将算出来的波函数写入到硬盘。
LCHARG = .FALSE. , 这个参数表示不写入电荷密度结果。
KPOINTS-k点取样文件一般来说,k点越密越多,计算精度也越高,当然计算成本也越高。
一般如非必要,可以先用自动模式生成k点,VASP会自动生成一个简约化后的k点矩阵,存于IBZKPT file,可以直接复制里面的数据到KPOINTSfile来用。
笔者在这里推荐通过VASPKIT自动生成k点文件。
POSCAR-结构信息文件POSCAR文件描述了体系的结构信息,包括原(或晶)胞的基矢,原子的位置, 原子是否移动等。
输出POSCAR文件,需要先得到结构文件,如果有现成的.cif文件,则可以直接将文件导入到VESTA文件中,依次选择file->ExportData,输出时选VASP文件格式,文件命名为POSCAR,不带后缀。
输出文件时一定要注意坐标格式,有分数坐标和笛卡尔坐标两种形式。
如果没有.cif的结构文件,则需要通过其他软件进行建模,笔者使用的建模软件是MedeA,建模之后将结构以.cif的格式输出,然后重复上面的步骤。
² POTCAR-赝势文件POTCAR包含VASP 计算所需的用来近似地处理原子电子间相互作用的赝势文件。
按POSCAR文件中,每类原子的顺序把各类原子相应的赝势合并到同一个POTCAR文件中。
需要注意每类原子的赝势类型一致。
生成POTCAR文件的命令为cat /…/PAW_PBE/{A1,A2,A3,…,An}/POTCAR>> POTCAR,其中/…/表示赝势包的路径,PAW_PBE代表赝势种类,{A1,A2,A3,…,An}代表原子种类。
以上就是VASP理论计算所需输入文件,重要参数设置以及文件生成方法,在准备好上述输入文件后,我们就可以开始进行计算了。
输出文件以及相应的计算结果分析将在下个教程进行讲解。
参考资料:侯柱峰老师的资料,大师兄科研网VASP问世25年来,累计发表SCI论文超过90000篇,其中大量是实验与计算相结合的文章。
其计算结果不仅可以验证实验结果,更能够预测实验结果甚至设计实验。
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干货保姆输入文件基础指南(文件计算原子设置为输入)
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