公众号：秃头翻盖前天在什么是分子对接中对分子对接做了个很简单的介绍，但是具体如何操作并没有详细说明，今天就接着上次的内容做个详细的操作演练。
01—软件介绍用于作分子对接的软件有很多，本次我们就用其中一个比较简单的一IGEMDOCK软件。
iGEMDOCK是一个台湾产的分子对接软件，可以用于初筛和精度对接；且实验结果表明，iGEMDOCK在305种蛋白质化合物复合物中的成功率为78％（均方根值低于2.0埃）。
这充分表明了IGEMDOCK软件的精准性，对接准确率高。
但是以这一点作为我推荐给大家的理由仍然不够充分。
倘若只留意这一点，那你们可能就会忽略了，iGEMDOCK衍生的药理相互作用还能丰富三个公共场所的命中率（即拮抗剂（ER）和激动剂（ERA）和胸苷激酶（TK）的雌激素受体α）。
更重要的，这个软件很容易上手啊，基本上只要不是智障，一看就懂。
02—软件安装这个软件是个绿色软件，也不需要安装，解压就行。
但这只是针对WIindows系统，如果是Linx那就多几个步骤。
首先打开官网（你们要找官网点击阅读全文就可以了），在中间软件那一列选择对应系统的版本就可以啦，最新版2.1版本已经出来了，之前我也下载过1.0版本，但是在使用过程中报的问题也比较多，而2.1版本倒不会出现类似问题，所以还是用最新版的吧；直接点击下载就可以了。
下载完成之后一般我的做法是在软件盘新建一个目录，目录名称设置为IGEMDOCK，然后将压缩包拷进去解压，解压完成后，打开iGEMDOCKv2.1文件夹，再点击bin文件夹，点击iGemdock运行软件就可以了，如下图。
03—软件操作打开软件后就可以看到软件的操作界面，一个是操作界面，一个是分析界面。
操作界面第一个输入的文件就是靶点蛋白的pdb格式文件，点击准备按钮查看靶点的详细信息，可以看到靶点的结构如下。
第二个输入的是化合物的或者其他小分子的pdb格式文件（或者mol2格式文件）；其他的就是设置参数，一般不碰它就可以了。
点击开始对接按钮。
04—对接结果对接完成后，结果如下图。
其中可以看到对接结果的能量，排第一的就是化合物与靶点结合时的最低能量时的结构。
不过IGEMDOCK的显示效果不佳，我们把结果转换一下就可以得到类似封面的效果。
事实上，我只是简单的做了个介绍，IGEMDOCK还有好多高级玩法值得大家去尝试，因此，IGEMDOCK的教程说明书还是值得大家去阅读的。
而且，细心的朋友可能发现了，我们最后的结果中包含好多小分子。
这些小分子究竟是什么呢？会是我们结合的化合物吗？有兴趣的亲们可以好好去思考。