cd vmd-1.9.4 #进入文件位置sudo ./configue LINUXVMDsudo ./configuecd srcsudo mak install02基本操作①界面介绍打开VMD后，会打开三个窗口，分别为：主窗口（VMD Main），显示窗口（VMD OpenGL Display），和命令窗口下面我们导入一个蛋白结构，在VMD主窗口的菜单栏点击File->New Molecule打开Molecule File Browser窗口；点击Browse选择要导入的文件，注意目录名、文件名都不应出现中文；Detemine file type可设置文件类型，一般可自动读取在Linux系统下，可在终端直接输入命令来导入文件，如：vmd complex.pdb不要忘记点击Load按钮，此时，导入的结构以默认的显示方案显示在显示窗口中②改变视角现在将鼠标移至显示窗口中，按住鼠标左键拖动，可进行旋转；按住右键左右拖动，蛋白质结构会垂直于屏幕旋转；滑动鼠标滚轮，可将蛋白放大或缩小VMD中有多种鼠标模式，默认的鼠标模式是 Rotate Mode（旋转模式，R），以上即为R模式的操作方式在主窗口菜单栏的Mouse菜单，可将鼠标模式改为Translate Mode（移动模式，T）或Scale Mode（缩放模式，S）T模式下，按住鼠标左键可移动结构，按下鼠标中键来改变剪切板S模式下，按住鼠标左键水平移动来缩小或放大分子，这种缩放不同于R模式下滑动鼠标中键的缩放，大家可自行感受此外，Center（中心模式，C）十分有用，可确定分子绕之旋转的支点C模式下，鼠标在显示窗口内为十字将十字放在想要作为旋转中心的原子上点一下，再按住鼠标左键旋转，就会以新定义的中心进行旋转主窗口中菜单栏点击Display->Reset View，或者在显示窗口内点击“=”键，可将当前显示的对象居中③修改显示样式下面我们对对象的显示模式进行修改在主窗口中菜单栏点击Graphics->Representations，打开Graphical Representations窗口；在Selected Molecule的下拉菜单中可选择不同的对象，即指定对哪个对象设定显示方式；点击Create Rep可创建新的表示，可创建多个，效果可叠加，以此可完成复杂的绘图；点击Delete Rep可删除表示；下图部分为各种表示的当前状态，由三个元素构成Style为样式显示方案；Color为颜色显示方案；Selection为内容显示方案如此时蛋白结构以线状显示，根据名称进行着色，所有的原子都显示下图中可以设置当前选择的原子，Coloring Method的下拉菜单可选择着色方案；Drawing Method的下拉菜单可选择显示样式；Material的下拉菜单可选择显示材质下面来看一些不同的显示方案每一种 Drawing Method 都可以再进一步设置显示效果比如对于 CPK，可以调整原子球的大小（Sphere Scale）、改变化学键的粗细（Bond Radius）、以及设置更高或更低的分辨率（Sphere/Bond Resolution）同样的方式，大家可自行去探索不同的着色方案和不同材质的显示效果④选择对象方式在Graphical Representations窗口中选择Selections标签，在Singlewords部分中可以看到可以输入的选项列表如在Selected Atoms的文本输入框输入“helix”，可在显示窗口中只显示螺旋结构也可使用逻辑词“and/or/not”组合用于选择时的文本输入如输入“not helix”来选择除了螺旋外的其它部分Selections标签的Keyword栏可根据蛋白质某些部分的特定值来进行选择同样的可使用Keyword和 Value组成的词组输入Selected Atoms的文本输入框如输入“resname LYS”可选择蛋白结构中所有的赖氨酸此外，within命令会经常用来范围选择，如输入“waterwithin 3 of protein” 来选择距离蛋白质3埃之内的所有的水分子输入“within 5 of protein”来选择距离蛋白质5埃之内的所有原子⑤更改背景色在主窗口菜单栏点击Graphics->Colors打开Color Controls窗口，可对颜色进行自由设定Categories选择Display；Names选择Background；Colors选择White即可将背景色改为白色需要修改其它对象的颜色也是类似的⑥隐藏坐标轴在主窗口菜单栏点击Display->Axes->off即可隐藏坐标轴以上就是一木为大家分享的VMD的一些基本操作了，篇幅有限还有许多内容未曾介绍，在后续的推文中一木会通过一些实际的应用实例逐步的为大家介绍VMD的使用方法版 权 信 息本文系AIDD Pro接受的外部投稿，文中所述观点仅代表作者本人观点，不代表AIDD Pro平台，如您发现发布内容有任何版权侵扰或者其他信息错误解读，请及时联系AIDD Pro (请添加微信号plgrace)进行删改处理原创内容未经授权，禁止转载至其他平台有问题可发邮件至pengli@stonewise.cn
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