动力学建模分子软件PolyMaker(动力学分子建模软件多晶)

在材料科学中，多晶是金属材料最正常的存在形式，晶界的研究更是重中之重
分子动力学下，可以直接建立多晶的软件有两款：atomeye和PolyMaker，鉴于本人前期被atomeye折磨得半残，所以坚决不用atomeye，这里为大家带来PolyMaker安装及使用，废话不多说，我们进入正题：1.PolyMaker官网PolyMaker是用C++语言写的多线程工具，用于为分子动力学制作输入文件
它能建立一个指定密度的单原子样品，并且考虑了周期性边界(PBC, periodic boundary conditions)
目前，可以执行一些简单的晶体类型，例如面心立方(FCC)、体心立方(BCC)和密排六方(HCP)
该软件被设计成可以执行任何简单晶体类型
支持多种输入文件格式，DL_POLY，LAMMPS和XYZ文件格式
它可以方便地产生固定晶界结构“有比例的(scaled)”的样品，不同原子数的晶粒
以上为官网粗翻译
(毕竟，六级522，能看懂就行(✿◡‿◡))http://polymaker.readthedocs.io/en/latest/index.html每个盒子20个晶粒的样例：2.PolyMaker下载及安装主页最左边，点击“Download”，可以看到许多说明，能用的只有一个，接下来我就不按照他的顺序来了，因为系统和系统差别很大，请务必完成以下操作，做好环境：

sudo apt-get update                    #更新源sudo apt-get dist-upgrade              #升级系统sudo apt-get install build-essential   #安装 build-essentialsudo apt-get install cmake             #安装 cmakesudo apt-get install wget              #安装 wgetsudo apt-get install zip unzip         #安装 zip和unzipsudo apt-get install libboost-program-options-dev libeigen3-dev #安装相应库注：#是注释的意思

然后，下载软件并解压，并执行以下语句：

wget https://github.com/CaptainGizmo/polymaker/archive/master.zip #下载文件unzip master.zip               #解压文件cd master\polymaker-master     #进入文件夹

得到一团团解压文件：接下来，执行以下语句：

mkdir build       #建立build文件夹cd build          #进入build文件夹cmake ..          #进行编译make              #进行编译

具体过程如下：编译出来的文件(重要文件poly

重要文件poly

重要文件poly

)：3.PolyMaker命令及使用教学手册命令内容：

--help                        #产生帮助信息-v，--vol arg                 #在立方体中，每个原子的体积，必须定义-g，--grain arg               #产生晶粒数量，默认为1-a，--width arg               #宽度a，必须定义-b，--height arg              #高度b，如不定义等于a-c，--length arg              #长度c，如不定义等于a-t，--type arg                #晶格点阵类型，FCC、BCC和HCP-e，element arg               #原子类型，默认为Xe-i，--input arg               #今天不想翻译这一块了-o，--out arg                 #输出文件类型，dlpoly、xyz和LAMMPS-init arg                     #重启随机数产生器
可用选项：Y/N

PolyMaker指令示意：./poly -v 10 -g 10 -a 100 -t fcc -o lammps --init N该命令用于产生一个面心立方原子结构100100100A大小共100 000个原子的样品()，输出为LAMMPS格式
执行过程：得到的in文件用ovito软件进行可视化：#后话本次制作一共耗时2h，效率还是不错的，图文并茂，高质量内容
我想到其他别的再慢慢补充
如需转载，请联系本人
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